- 장기보유특별공제란 무엇인가?
기본 개념
장기보유특별공제란 일정 기간 이상 부동산을 보유한 경우, 그 보유기간에 따라 양도차익에서 일정 금액을 공제해주는 제도입니다. 쉽게 말해, 부동산을 오래 갖고 있다가 팔 때 발생하는 시세 차익(양도차익)에서 일정 비율을 빼주어 세금 부담을 줄여주는 장치입니다.
실물자산인 부동산의 양도차익에는 실질적 이익이라고 보기 어려운 물가 상승분이 반영될 수 있는데, 이런 물가 상승분 수준의 양도차익을 줄여주는 절세 장치가 장기보유특별공제입니다.
현행 제도의 구조 (2026년 현재)
장기보유특별공제는 크게 두 가지 트랙으로 나뉩니다.
① 일반 부동산 (토지, 상가, 다주택 등)
보유기간이 3년 이상인 토지나 건물에 대하여 양도소득세를 계산할 때 보유기간에 따라 양도차익의 일정액을 공제합니다. 일반 부동산의 경우 3년 보유 시 6%이며, 그 이후 보유기간이 1년마다 2%씩 올라갑니다. 그리하여 15년 이상 보유 시 30%를 공제받게 되는데, 그 이상은 추가되지 않습니다.
| 보유 기간 | 공제율 |
|---|---|
| 3년 | 6% |
| 4년 | 8% |
| 5년 | 10% |
| … | 매년 +2% |
| 10년 | 20% |
| 15년 이상 | 30% (최대) |
② 1세대 1주택 고가주택 (양도가액 12억 원 초과)
1세대 1주택에 장기보유특별공제가 적용되며, 보유기간과 거주기간에 따라 각 조건별로 양도차익의 최대 40%, 합산 최대 80%까지 공제가 가능합니다.
보유에 대한 공제가 1년에 4%씩 적용되어, 최대 10년에 40%까지 적용됩니다. 거주에 대한 공제가 1년에 4%씩 적용되어, 최대 10년에 40%까지 적용됩니다. 거주는 보유기간이 3년 이상인 경우, 2년 이상 거주한 경우 적용받을 수 있습니다.
| 보유기간 | 보유 공제율 | 거주기간 | 거주 공제율 |
|---|---|---|---|
| 3년 | 12% | 2년 | 8% |
| 4년 | 16% | 3년 | 12% |
| 5년 | 20% | 4년 | 16% |
| … | 매년 +4% | … | 매년 +4% |
| 10년 이상 | 40% (최대) | 10년 이상 | 40% (최대) |
즉, 10년 이상 보유하면서 10년 이상 거주하면 보유 40% + 거주 40% = 최대 80% 공제를 받을 수 있습니다.
왜 이 제도가 중요한가?
일반 장기보유특별공제는 15년이 지나도 양도차익의 30%가 최대 공제율인 반면, 1세대 1주택은 최대 양도차익의 80%까지 공제가 가능합니다. 특히 장기보유특별공제는 금액이 아니라 비율(%)로 양도차익을 공제해 주기에, 누진세율이 적용되는 양도소득세의 특성상 아파트 가액이 비쌀수록 그 효과가 극대화되는 특징이 있습니다.
예를 들어 양도차익이 15억 원인 고가주택의 경우, 장기보유특별공제 80%를 적용하면 과세 대상 양도소득금액이 대폭 줄어들고, 명목세율 35%는 언뜻 무시무시해 보이지만 고가주택 기준금액 12억 원과 장기보유특별공제의 효과로 실효세율은 1.8%보다 작아집니다.
1세대 1주택 비과세와의 관계
현재 세법상 1세대 1주택자는 양도가액 12억 원 이하일 경우 양도소득세가 비과세됩니다. 따라서 장특공 논의의 실질적인 영향 대상은 12억 원을 초과하는 고가주택 보유 1주택자입니다. 12억 원 이하 주택을 보유한 1주택자라면 어차피 양도세가 0원이므로, 장기보유특별공제의 변경과는 직접적인 관련이 없습니다.
- 현재 정부에서 추진 중인 개정 내용
개정 배경
부동산 양도소득세 장기보유특별공제를 둘러싼 세제개편 논의가 입법단계에 진입하면서 부동산 시장의 과세체계가 ‘보유’에서 ‘거주’ 중심으로 재편될 가능성이 높아졌습니다. 최근 이재명 대통령이 장특공 제도의 구조적 문제를 지적하며 개편의 필요성을 언급한 데 이어 이를 반영한 법안이 발의되면서 정책방향이 보다 구체화됐다는 평가입니다.
이재명 대통령은 “1주택을 보호하려면 실거주 기간에 대한 양도세 감면은 필요하지만, 살지도 않으면서 오래 투자했다는 이유만으로 더구나 고가주택 양도세를 깎아주는 건 주거 보호정책이 아니라 주택투기 권장 정책”이라고 언급했습니다.
발의된 개정안은 두 가지
현재 국회에는 두 건의 주요 개정안이 발의되어 있습니다.
개정안 ① : 최혁진 의원안 (2026년 4월 27일 발의)
최혁진 의원은 보유기간을 원인으로 한 장기보유특별공제를 전면 폐지하고, 실제 거주기간에 비례해 공제율을 단계적으로 높이는 실거주자 중심의 공제 체계로 전환하는 소득세법 일부개정법률안을 대표발의했습니다. 현행 소득세법은 실거주 여부와 무관하게 보유기간에 따라 일괄적으로 최대 40%의 공제를 적용하고 있습니다.
핵심 내용을 정리하면 다음과 같습니다.
가. 보유기간 공제 전면 삭제, 거주기간 공제로 흡수
개정안의 핵심은 장특공의 적용기준을 ‘보유’에서 ‘거주’로 전환하는 데 있습니다. 현행 제도는 1가구 1주택자에 대해 보유기간과 거주기간을 기준으로 각각 최대 40%의 공제율을 적용해 합산 최대 80% 공제를 허용합니다. 개정안은 이 중 보유기간에 따른 공제율을 전면삭제하고 거주기간에 따른 공제만 남기는 것이 골자입니다. 최소 2년 이상 거주 시 공제가 시작되며 장기거주 시 최대 80% 공제가 가능합니다. 다만 보유기간 3년 이상 요건은 유지됩니다.
실거주 기간이 2년 이상이면 16% 공제를 적용하고, 거주 기간이 길어질수록 공제율을 높여 10년 이상 거주 때 최대 80%까지 공제하는 방식입니다.
나. 적용 대상 대폭 축소
적용대상 역시 대폭 축소됩니다. 토지와 상가 등 비주택 자산에 대한 장특공은 전면폐지되고 조합원입주권도 공제 대상에서 제외됩니다. 투자목적 자산보유에 대한 세제상 유인을 줄이겠다는 정책적 판단이 반영된 것으로 풀이됩니다.
다. 국외 거주자 공제 차단
국내에 생활 기반이 없는 국외 거주자가 국내 부동산을 양도할 때 장특공제를 적용받지 못하도록 명시적으로 배제했습니다. 국내에 거주하지 않으면서 부동산으로 얻는 불로소득에 대한 세금 지원을 원천 차단하겠다는 목적입니다.
라. 공동발의 참여
이번 개정안에는 최 의원을 비롯해 더불어민주당 소속 김동아, 김우영, 김준환, 이수진, 이주희, 임미애, 전진숙, 조계원 의원과 진보당 소속 손솔, 윤종오, 전종덕, 정혜경 의원 총 13명이 공동발의자로 참여했습니다.
개정안 ② : 윤종오 의원안 (진보당, 2026년 4월 8일 발의)
개정안의 핵심은 현행 소득세법 제95조(장기보유특별공제) 삭제, 신규 조항 제90조의2(장기보유세액공제) 신설, 공제 구조를 ‘비율 공제’에서 ‘정액 세액공제’ 방식으로 전환하는 것입니다.
새롭게 신설되는 제도에서는 일정 기간 이상 보유한 부동산을 양도할 경우 산출세액에서 최대 2억 원을 공제받을 수 있습니다. 다만 이 혜택은 평생 한 번만 적용됩니다. 반복적인 갈아타기를 통한 장특공 활용 구조를 제한하려는 취지로 해석됩니다.
공제 한도 2억 원을 한 번에 모두 활용하지 못할 경우, 남은 금액을 이후 양도 시점에 적용할 수 있도록 하는 장치도 포함됐습니다.
시행 시점과 경과조치
개정안 부칙에 따르면 시행 예정 시점은 2027년 1월 1일입니다. 특히 주목해야 할 부분은 경과조치로, 2026년 12월 31일 이전 양도 완료 시 현행 장특공이 적용되고 2027년 이후 양도 시 새 제도가 적용됩니다. 법안이 통과될 경우, 매도 시점에 따라 세 부담이 크게 달라질 수 있습니다.
현재 해당 법안은 발의 단계이며, 상임위원회 심사, 법제사법위원회, 본회의 의결이라는 절차가 남아 있습니다. 다만 세법 개편은 시장 심리에 선반영되는 경우가 많습니다.
여권에서는 6월 지방선거를 마친 후 장특공 개편 논의가 본격화될 것이라는 관측이 짙습니다.
- 현행 제도 vs 개정안 비교표
| 구분 | 현행 제도 | 최혁진 의원안 | 윤종오 의원안 |
|---|---|---|---|
| 1주택 보유기간 공제 | 최대 40% | 폐지 (거주 공제에 흡수) | 폐지 |
| 1주택 거주기간 공제 | 최대 40% | 최대 80% (2년 이상 거주 시 16%부터) | 폐지 후 세액공제 전환 |
| 1주택 합산 최대 공제 | 80% (비율 공제) | 80% (거주기간만 기준) | 평생 2억 원 한도 (정액 공제) |
| 토지/상가 등 비주택 | 최대 30% | 전면 폐지 | 폐지 |
| 적용 횟수 | 횟수 제한 없음 | 제한 없음 (거주 요건 충족 시) | 평생 1회 |
| 국외 거주자 | 공제 가능 | 공제 배제 | 공제 배제 |
- 개정 시 무엇이 달라지나?
달라지는 점 ① : ‘보유’ 공제의 소멸
현행 제도에서는 실제로 그 집에 살지 않더라도 오래 보유하기만 하면 최대 40%의 공제를 받을 수 있었습니다. 현행 소득세법은 실거주 여부와 무관하게 보유기간에 따라 일괄적으로 최대 40%의 공제를 적용하고 있습니다. 그 집에 살고 있든, 살지 않든 오래 쥐고만 있으면 공제를 받는 구조입니다. 개정안이 통과되면 이러한 보유만으로 받는 공제가 사라집니다.
달라지는 점 ② : 실거주자의 공제 확대
개정안은 장기보유특별공제 대상을 ‘보유기간 3년 이상인 1세대 1주택’으로 명확히 한정하고, 폐지되는 보유기간 공제 40%를 거주기간 공제에 흡수시켜 1세대 1주택 실거주자가 기존에 받던 혜택이 축소되지 않도록 설계했습니다. 아울러 실제 거주기간이 2년 이상인 시점부터 16%의 공제를 시작으로 거주기간에 비례해 공제율을 단계적으로 상향 적용하는 구조를 도입했습니다. 거주기간이 길어질수록 공제율이 높아지는 실거주자 중심의 공제 체계로 전환한 것으로, 거주기간에 따른 공제는 최대 80%까지 적용됩니다.
달라지는 점 ③ : 비주택 자산 공제 전면 폐지
장특공 축소 또는 폐지로 양도차익이 과세표준에 그대로 반영되면 세부담이 증가할 가능성이 큽니다. 특히 토지와 상가 등 비주택 자산은 공제 자체가 사라지는 만큼 절세여지가 크게 줄어듭니다.
달라지는 점 ④ : 매물 흐름의 변화 가능성
매물 흐름에도 변화가 예상됩니다. 제도시행 이전에는 세제변화에 따른 부담을 회피하기 위한 선제적 매도 움직임이 나타날 수 있지만, 시행 이후에는 거주기간 요건을 채우기 위한 보유전략이 강화되면서 거래가 위축되는 흐름이 나타날 가능성도 있습니다.
- 어떤 사람에게 유리하고, 어떤 사람에게 불리한가?
유리한 사람들
① 장기 실거주 1주택자
실수요자의 경우 장기거주 시 기존과 유사한 수준의 공제 혜택을 유지할 수 있어 상대적으로 유리한 구조입니다. 10년 이상 실제 거주한 1주택자는 기존 80%와 동일한 수준의 공제를 받을 수 있으므로, 사실상 혜택이 유지되거나 오히려 거주기간만으로 80%를 채울 수 있어 더 유리해질 수 있습니다.
② 무주택자 및 세입자
투기적 보유에 대한 세제 혜택이 줄어들면서 매물이 증가할 가능성이 있고, 이는 장기적으로 주택 가격 안정에 도움이 될 수 있습니다. 조세 형평성 측면에서도 근로소득만으로 생활하는 무주택자에게 상대적으로 공정한 구조가 됩니다.
③ 12억 원 이하 주택 보유 1주택자
이들은 어차피 양도소득세가 비과세이므로 이번 개정과 무관합니다. 영향이 없다는 점에서 상대적으로 유리한 위치입니다.
불리한 사람들
① 비거주 1주택자 (갭투자자)
집을 소유하면서 실제 거주하지 않는 1주택자는 보유기간 공제 40%를 온전히 잃게 됩니다. 거주기간이 짧은 1주택자는 세부담이 늘어날 수 있습니다.
② 토지, 상가 등 비주택 부동산 보유자
비주택 자산에 대한 장특공이 전면 폐지되므로, 기존에 15년 이상 보유 시 최대 30%까지 받던 공제 혜택이 완전히 사라집니다. 양도 시 세 부담이 크게 늘어납니다.
③ 고가주택 보유 은퇴자
거주 기간과 보유 기간을 합산해 최대 80%를 공제받던 1세대 1주택자들에게 공제 폐지는 세금 부담 증가로 다가올 수 있습니다. 이는 은퇴 후 집 한 채가 전 재산인 고령층의 경우 특히 민감한 문제입니다. 다만, 실거주 요건을 충족했다면 최혁진 의원안 기준으로 혜택이 유지됩니다.
④ 국외 거주자
현행법상 국외 거주자도 장기보유특별공제를 받을 수 있었으나, 개정안은 이를 차단해 실거주 목적과 무관한 공제 적용을 막습니다.
⑤ 재건축/재개발 조합원입주권 보유자
개정안 적용 범위에 포함될 가능성이 있어 세무 검토가 필요합니다.
- 찬반 논란 정리
찬성 측 (여당/진보당 측)
개정안을 발의한 최 의원은 “살지도 않는 집을 보유하면서 받아온 공제가 없어지는 것이 어떻게 서민 세금 폭탄인가”라며 “이 법은 실거주 중산층과 서민을 보호하는 법”이라고 강조했습니다.
반대 측 (야당 측)
국민의힘은 “재산권 약탈 선언”이라고 비판한 반면 더불어민주당은 국민의힘이 “부동산 투기를 옹호하고 있다”고 맞받았습니다.
그동안 정부는 1주택 실소유자들에게 ‘오래 거주하고 보유하면 세금을 깎아주겠다’며 장기 보유를 장려해 왔습니다. 이제 와서 그 약속을 폐기하는 것은 국가 정책을 믿고 노후 설계를 해온 은퇴 세대와 실소유자들에 대한 기만이라는 비판도 있습니다.
- 지금 무엇을 준비해야 할까?
아직 법안이 확정된 것은 아닙니다. 하지만 다음 사항은 미리 점검해 두는 것이 좋습니다.
✅ 본인의 주택 양도가액이 12억 원을 초과하는지 확인
12억 원 이하라면 1주택자 비과세로 이번 개정과 무관합니다.
✅ 실거주 기간 확인 및 전입신고 서류 점검
개정안이 통과되면 거주기간이 공제의 핵심 기준이 됩니다. 전입신고일, 실거주 증빙 서류 등을 미리 정리해 두세요.
✅ 매도 시점 전략 검토
양도가액 12억 원 초과 주택 보유자는 현행 장특공 수혜 폭이 큰 만큼 제도 변경 영향이 직접적입니다. 향후 3년 내 매도 또는 갈아타기 예정자는 매도 시점에 따라 세금 규모가 크게 달라질 수 있습니다.
✅ 토지/상가 보유자는 특히 주의
비주택 자산의 장특공이 전면 폐지될 경우 세 부담이 급증하므로, 매도 일정 재검토가 필요합니다.
마무리
장기보유특별공제 개정 논의의 핵심은 “오래 갖고 있었다”가 아니라 “실제로 살았는가”를 세제 혜택의 기준으로 전환하겠다는 것입니다. 실거주 1주택자에게는 기존 혜택이 유지되도록 설계되어 있으나, 비거주 보유자나 비주택 자산 보유자에게는 상당한 세 부담 증가가 예상됩니다.
다만 최혁진 의원안과 윤종오 의원안은 다소 급진적인 만큼, 비거주 1주택자라도 참작할 만한 사유가 있는 경우에는 공제를 받을 수 있는 방안으로 정리될 전망입니다. 민주당 내에서는 비거주 사유를 증빙하도록 해 투기용 비거주 1주택자를 걸러내는 안이 거론되고 있습니다.
법안의 최종 확정까지는 시간이 남아 있으므로, 향후 국회 논의 과정을 꾸준히 주시하면서 자신의 상황에 맞는 대응 전략을 세우는 것이 중요합니다.